首先，eclipse中默认的java工程文件夹组织如下：
/src放源码
/bin放class文件
/lib放jar（编译后的jar）
/test下放测试代码
但是，source.jar和javadoc.jar文件放到哪里？怎么放都感觉不合理啊。
另外，如果我没有考虑到某些情况，请在评论中指出。
解决方案
楼主还是用 Maven + m2e 吧，然后在 eclipse 中 import existing Maven project 。
Maven 会自动把 sources.jar 和 javadoc.jar 放到 ~/.m2 下面，另外在 eclipse 中按 F3 跳转到定义的时候会自动下载需要的 sources.jar ，然后跳转过去。